Após um misterioso inferno matar sua família, Shirou é salvo e adotado por Kiritsugu Emiya, que lhe ensina os caminhos da magia e da justiça.Uma noite, anos após a morte de Kiritsugu, Shirou está limpando a escola quando se vê no meio de um encontro mortal entre dois super-humanos conhecidos como Servos. Durante sua tentativa de fuga, o garoto é pego por um dos Servos e sofre um ferimento com risco de morte. Milagrosamente, ele sobrevive, mas o mesmo Servo retorna para terminar o que começou. Em desespero, Shirou invoca seu próprio Servo, um cavaleiro chamado Saber. Os dois agora devem participar da Quinta Guerra do Santo Graal, uma batalha real entre sete Servos e os magos que os invocaram, com o grande prêmio sendo nada menos que o próprio Santo Graal.Fate/stay night acompanha Shirou enquanto ele luta para encontrar a linha tênue entre um herói e um assassino, enquanto seus ideais se chocam com a dura realidade ao seu redor. O menino se tornará um herói como seu pai adotivo ou morrerá tentando?